Em 1949, a Banda construiu a sua própria sede em Junqueira de Cima. Embora representasse um importante passo para a sua consolidação, as reduzidas dimensões e as limitações das instalações tornaram-se cada vez mais evidentes com o passar dos anos. Perante esta realidade, foi iniciada a construção de uma nova sede, inaugurada pelo Exmo. Senhor Governador Civil de Aveiro em 18 de junho de 1995.

    A Banda foi reconhecida como pessoa coletiva de utilidade pública nos termos do Decreto-Lei n.º 460/77, de 7 de novembro, conforme consta do despacho publicado no Diário da República, II Série, n.º 13, de 16 de janeiro de 1992.

     Em 1998, a Banda Musical celebrou o seu 1.º Centenário, uma data marcante para qualquer coletividade. Por esse motivo, a Banda Musical Junqueirense empenhou-se na organização de um conjunto de iniciativas que permitissem assinalar dignamente esta efeméride e perpetuar a sua memória junto do povo junqueirense. Esta celebração constituiu também uma homenagem a todos aqueles que, ao longo das gerações, se dedicaram à causa da música e souberam manter viva a chama acesa pelos fundadores da instituição, preservando os valores e os ideais que estiveram na origem da sua criação e assegurando a continuidade de um património cultural que perdura até aos nossos dias.

     Em 2001, a Banda decidiu dar mais um passo em frente, gravando em CD o trabalho desenvolvido ao longo dos anos. Nesse ano foram editados dois álbuns: o primeiro, «Sons e Melodias», em maio de 2001, e o segundo, «Czardas», em outubro do mesmo ano.

    O ano de 2003 ficou marcado pelas comemorações do 105.º aniversário da Banda e pelo lançamento do terceiro CD, «Olá Junqueira», que inclui algumas obras exclusivas e peças alusivas à Banda e à freguesia de Junqueira.

     Desde então, a Banda tem continuado a afirmar-se além-fronteiras. Em julho de 2004, realizou um concerto na Galiza, a convite do Ministério da Cultura e da Junta da Galiza (Espanha).

     Mais tarde, em 2013, atuou no Rossio, em Lisboa, no VI Festival de Bandas de Lisboa (COM’PAÇO), e ainda nesse mesmo ano apresentou-se na Casa da Música, no Porto, no Encontro de Bandas Filarmónicas, naquele que é considerado um dos mais prestigiados palcos nacionais.

     
     Com o nome do seu fundador, a Escola de Música «Manuel Joaquim de Almeida» constitui o primeiro contacto com a música para muitos dos alunos que nela ingressam, afirmando-se como um verdadeiro berço de formação musical. Ao longo da sua história, tem formado várias gerações de músicos, alguns com carreiras de projeção nacional e internacional, e muitos outros que, enquanto amadores, mantêm vivo um profundo amor pela música e contribuem ativamente para a vida cultural da região.

     Desta escola têm também saído inúmeros músicos de grande valor humano e artístico, entre os quais se destacam o Prof. Patrick Monteiro, atual responsável pela Escola, e o Prof. Tiago Tavares, responsável pela Orquestra Juvenil.

     
    A Banda Musical «Flor da Mocidade Junqueirense» é atualmente composta por cerca de 70 elementos, reunindo músicos de diferentes gerações que integram um efetivo equilibrado entre jovens e elementos mais experientes. Esta diversidade etária e musical contribui para a riqueza do grupo, permitindo a transmissão de conhecimento entre gerações e reforçando a coesão da formação. A maioria dos executantes realizou a sua formação na própria Escola de Música da coletividade, o que assegura a continuidade do projeto artístico e pedagógico da Banda.

     A direção artística encontra-se a cargo do Maestro Prof. Patrick Monteiro, contando com o apoio do Maestro Adjunto Tiago Tavares