Fundada em 11 de Setembro de 1898, com a denominação de "Filarmónica Flor da Liberdade Junqueirense", por escritura pública outorgada na residência do  Sr. Manuel Tavares Lages em Junqueira de Baixo, pelo então tabelião Manuel Neves de Pinho, do cartório Notarial de Macieira de Cambra sabendo-se que o seu custo foi de 4.425 reis. Em ritmo acelerado e após a constituição da primeira direcção, seguiu-se de imediato a criação de um regulamento interno. Asseguraram-se assim as condições necessárias, para que em Novembro do mesmo ano se atingi-se a normalidade desejada nas aulas já iniciadas, começando assim a serem balbucionadas as primeiras frases na linguagem musical. Foi o primeiro  professor o Sr. Joaquim Coutinho de Oliveira, que se supõe fosse de Sever do Vouga "Rego da Bouça" seguindo-se o Sr. Domingos da Russa de Macieira de Cambra, sabe-se ainda que durante o mês de Novembro foram dados 24 dias de aulas, tendo este ensino custado 7.200 reis.

       Foi criada e assegurada a sua primeira sede no lugar da Calvela desta freguesia de Junqueira de onde era natural o Reverendo Padre Domingos Tavares, que ofereceu a suas instalações e luz nesse mês, assim começou a sua atividade, com dúzia e meia de elementos, sabendo-se que fez a sua primeira atuação pública na Páscoa de 1899. Com o decorrer dos anos, a filarmónica foi progredindo em marcha lenta com as suas crises profundas, devendo-se isso em parte ao baixo nível de vida dos elementos que a constituíam, na sua quase totalidade camponeses. A partir de 1922, foi a sede da Banda transferida da Calvela para Junqueira de Baixo onde permaneceu até ao ano de 1942. Em 1935, resolveu a sua direção alterar a sua denominação para "Banda Musical Flor da Mocidade Junqueirense" denominação essa que ainda hoje tem e que foi oficializada através de escritura pública outorgada no Cartório de Vale de Cambra em 28 de Julho de 1989. 

       Em 1949 construiu sede própria em Junqueira de Cima, de reduzidas dimensões e deficientes condições, as quais iam aumentando à medida que os anos passavam, assim, viu-se obrigada a iniciar a construção de uma nova sede a qual foi inaugurada pelo Exmo. Governador Civil de Aveiro em 18 de Junho de 1995. Foi reconhecida como pessoa colectiva de utilidade pública, nos termos do Decreto-Lei n°460\77 de 7 de Novembro, comforme consta do despacho publicado no "Diário da República", II série, n°13 de 16 de Janeiro de 1992. Durante 119 anos de existência muitos foram os maestros que passaram pela direção artística da Banda Junqueirense, destacamos o Sr. Manuel Marques, Sr. Fernando Batista o Sr. Manuel Joaquim Almeida, Prof. Paulo Almeida e o actual Maestro Prof. Patrick Monteiro.

       Em 1998 a Banda musical comemorou o seu 1º Centenário, data histórica para qualquer coletividade, por isso, também a Banda Musical Junqueirense se empenhou para que esta data ficasse para sempre na memória do povo Junqueirense e de um modo especial, daqueles que mais diretamente se dedicaram a causa da música e que tem sabido manter bem viva a chama acesa pelos seus fundadores, no sentido de perpetuar a intenção com a qual os antepassados a fundaram.

       Com mais de 120 anos de existência, com os seus altos e baixos, sempre foi e continuará a ser o único baluarte do índice cultural de Junqueira, levando bem longe o nome da sua terra e tendo sabido conquistar a simpatia e o carinho das gentes de inúmeras terras por onde tem passado, desde a sua mais humilde atuação, “Páscoa de 1899” até a uma das mais relevantes, a digressão pelos Estados Unidos (EUA), onde participou nas comemorações do dia de Portugal e das Comunidades Portuguesas em Newark, de 12 a 22 de Junho de 1993. 

       Em 2001 decidiu a Banda dar mais um passo em frente, gravando em CD todo o trabalho desenvolvido ao longo dos anos. O primeiro “Sons e Melodias” em Maio de 2001 e o Segundo “Czardas” em Outubro de 2001. O ano de 2003 ficou marcado pelas comemorações do 105º Aniversário e pelo lançamento do Terceiro CD “Olá Junqueira” (este com alguns exclusivos e algumas obras alusivas à Banda e à freguesia de Junqueira). Desde então houve mais um marco além-fronteiras pois, em Julho de 2004 a Banda Musical Junqueirense realizou um concerto na Galiza, a convite do Ministério da Cultura e da Junta da Galiza - Espanha. Ainda em 2013 atuou no Rossio, em Lisboa no VI Festival de Bandas de Lisboa (COM’PAÇO) e mais tarde nesse mesmo ano na Casa da Música no Porto, no Encontro de Bandas Filarmónicas, naquele que é considerado como um dos melhores palcos do mundo para atuar.

       Em Agosto de 2015 surge o mais recente trabalho discográfico - “Mocidade Junqueirense - Vol. 4”. Mais recentemente em 2018, comemorou o seu 120º Aniversário, com a realização do V Encontro de Bandas Filarmónicas em Junqueira, entre muitas outras actividades de cariz cultural alusivas à data festiva (festival de folclore, festival de rock e convívio desportivo).

       Com o nome do seu fundador, a Escola de Música “Manuel Joaquim Almeida” é o primeiro contacto com a música para muitos dos alunos que integram esta escola. Muitos desses alunos fazem desta arte a sua forma de estar na vida como é entre outros o caso do Prof. Patrick Monteiro actual responsável pela Escola e Prof. Tiago Tavares responsável pela Orquestra Juvenil. Atualmente a escola é composta por 36 alunos. A orquestra juvenil funciona como que uma incubadora de futuros elementos da banda pois permite que os alunos da escola tenham aqui a sua primeira experiência de como é tocar em grupo, o que mais tarde os ajuda na sua integração na Banda Musical. Atualmente a Banda Musical “Flor da Mocidade Junqueirense” é constituída por 64 elementos, na maioria, jovens que fizeram a sua formação na própria escola da banda. 


       Atualmente, a Direção Artística está a cargo do Maestro Prof. Patrick Monteiro e do Maestro Adjunto Fernando Lages.Sendo a Coletividade mais antiga do Concelho de Vale de Cambra, com 122 anos de atividade ininterrupta, a Banda Junqueirense continua a levar o bom nome desta freguesia, concelho e de Portugal, de norte a sul e além fronteiras.